El Museo tiene relación con diferentes colegas del departamento de Antioquia, entre los cuales cabe mencionar los museos de la Red de Museos de Antioquia, a la cual se encuentra afiliado.

Su relación más estrecha se da con los museos: Museo  Nacional de Colombia, Museo del ITM, Museo Universitario de la Universidad de Antioquia, Museo Juan del Corral de Santafé de Antioquia y con los demás museos de Jericó (Casa natal de la Madre Laura, Museo de Arte Religioso y Centro de Historia).

Igualmente, se manejan relaciones de colaboración con otras entidades educativas y de proyección cultural, entre las cuales se encuentran: las instituciones educativas de Jericó, ITAKA Cultura, Concepto y Conocimiento, las universidades  EAFIT, Pontificia Bolivariana, ITM y de Medellín.  A nivel de entidades culturales cabe mencionar,  Alonso Garcés Galería, Comfenalco Antioquia y el Instituto de Cultura y Patrimonio de Antioquia. Igualmente se cuenta con  aliados a las Fundaciones Suramericana, John Ramírez, Fraternidad Medellín , Bancolombia, MUV, Éxito.